Оптико-цифровые микроскопы отличаются от обычных микроскопов интегрированной цифровой камерой, отсутствием бинокулярного или тринокулярного тубуса и максимальной степенью моторизации органов управления и оптической системы.
Отсутствие тубуса и окуляров обусловлено как характеристиками современных цифровых камер (отсутствие необходимости смотреть в окуляры), так и применением методов контрастирования, для которых чувствительности человеческого глаза недостаточно. Так же многие микроскопы используют для создания панорамных изображений высокого разрешения для дальнейшего автоматического анализа. Для этой цели так же нет необходимости в тубусе и окулярах, так как оператору достаточно настроить систему и запустить процесс сканирования, после чего процесс идет в автоматическом режиме.
